Antes de nada comentar que no tiene sentido que cargues tus juegos via USB si como comentas posees
HDLoader; Via USB es mas lento y menos compatble que via hdl o modo interno, dicho esto....
Primero extraer los juegos con la herramienta Winhiip, el cual te los extrae en forma de ISO.
A partir de aqui te aconsejo que leas un poco sobre USBExtreme, USBAdvance y USBUtil.
Un saludo.