bien para empezar me imagino que tienes una consola ntsc y por ello el FFXII PAL se te ven en Blanco y Negro corrigeme si me equivoco, usas el OpenPS2 Loader te recomiendo la version 0.7 de momento es la ultima aqui la tienes http://www.scenespain.net/foro/index.php?topic=4968.0
ahora para hacer funcionar ese juego en la ps2 por USB esta complicado intentalo con el USBAdvance ponle modo 3 y sino aplicale a la iso algunparche que existe para el HDD dependiendo de tu region:
Agui los parches:

EUR: http://www.sksapps.com/hd/FF12%20FrDeItEs%20Auto%20Unstutter%20Patch%20Rev2_ppf.zip
UK: http://www.sksapps.com/hd/FF12UK%20Auto%20Unstutter%20Patch%20Rev2_ppf.zip
US: http://www.sksapps.com/hd/FF12US%20Auto%20Unstutter%20Patch%20Rev2_ppf.zip

Teoricamente Intentalo primero con USB advance ya que OPL esta en fase Beta y intentalo con ambos modos si no te funca aplicale algun parche de esos a la ISO me imagino que para ti sera el US
y si con todo eso no te va
Intenta esta solucion definitiva:

Coje la Imagen Limpia (que no le hayas aplicado nada de nada, la original) que te funciona que se ve en blanco y negro  aplicale este conversor ps2 pal2ntsc y fix de pal a ntsc y cuando arranques el juego tendras varias opciones:
                               Pal (PULSAR CUADRADO)
                               NTSC (PULSAR CIRCULO)
                               NTSC + FIX (PULSAR X)
Yo lo ice con una ISO que estaba en NTSC y solo funcionaba en NTSC y los programas conversores no me funcionaban pero encontre este programa y me va de Lujo solo elijo PAL y listo pos tu hasz lo mismo con el tuyo elije NTSC o NTSC+ FIx que creo  que centra la pantalla por si el juego no sale centrado

NOTA IMPORTANTE: Para aplicar el conversor sigue estos pasos:
(la imagen tiene que ser iso si es nrg o otro tipo de imagen convertirla primero a iso)
1.abrir el ps2_pal2ntsc_yfix
2.en el cuadro que aparece donde dice browse buscar y esleccionar la imagen a parchear.
3 donde aparece el numero 48 poner 32 si se quiere convertir de pal a ntsc y 48 si es de ntsc a pal.
4.luego tildar donde dice MAKE PN SELECTOR
5. y por ultimo darle en PATCH FILE

oye y q es modo 3 en usbadvance?? y si tengo una consola fat en Ntsc

pues te cuento q no me funciono ;( de ninguna forma de las q me diste. Pero me acabo de bajar la version en ingles y si funciona sera conformarme con esa. Pero de todas formas Gracias por responderme.